世がザフトと連合に別れて戦いあう中、世界の裏側では、別の小さな戦いが開始されようとしていた。
しかし、それは、今は小さくても対処をあやまれば、世界を巻き込む大きなうねりとなり得る戦いでもあった……。

機動戦士ガンダムSEED　VS ASTRAY　［第1話］

ジャンク屋ロウ・ギュールの元に現れた謎のモビルスーツたち。ゲイルストライクとアストレイレッドフレーム。彼らは、ライブラリアンを名乗り、ロウに全てを渡すように要求する。拒絶したロウと、ライブラリアンの戦いが始まってしまう。敵のレッドフレームは、ロウの愛機のデータをコピーして造られたモノであった。そしてパイロットは、かつてロウに剣術を教えた蘊奥(ウン・ノウ)！　死んだはずの男がなぜ、ここに……。一方、アメノミハシラのロンド・ミナ・サハクの所にもライブラリアンが現れていた。

機動戦士ガンダムSEED　VS ASTRAY　［第2話］

アメノミハシラでもライブラリアンとの対決が始まる。ミナは、アストレイゴールドフレーム天ミナで出撃する。弟ギナとの戦いは、彼女にとって苦渋の決断であったが、古い考えにしばられた弟に従うことは出来ない。ゴールド対ゴールド、姉弟による戦いの火ぶたが切って落とされる。一方、同じくライブラリアンの襲撃を受けていたロウの所に、新たなモビルスーツが現れた。アストレイブルーフレームリバイ。傭兵部隊サーペントテールのリーダー叢雲劾の新たなる剣であった。ゲイル対リバイ、双方の大型剣が刃を交える！

機動戦士ガンダムSEED　VS ASTRAY　［第3話］

宇宙ステーション「アメノミハシラ」。そこで対峙するロンド・ギナ・サハクと、叢雲劾。かつて自分を葬った劾に、異常なまでの憎しみの炎を燃やすギナ。両者の戦いが始まる。一方、地上に残っていた傭兵部隊サーペントテールのメンバーの元にも、ライブラリアンの刺客が現れた。「イライジャ、ライブラリアンへ来い！」それは、イライジャの親友であり、ザフトの英雄と呼ばれた男、グゥド・ヴェイアのカーボンヒューマンであった。親友の出現にイライジャの心は揺れる。彼が出した結論とは!?

機動戦士ガンダムSEED　VS ASTRAY　［第4話］

ライブラリアンの最高司書官であるプレアは、あるパイロットに出撃を命令する。リリー・ザヴァリー、特殊な機体ネブラブリッツを与えられた最高司書官直属の兵士であった。その出撃に反対する蘊奥は、リリーの力を試すとして戦いを挑む。だが、日本刀を装備したジンハイマニューバ２型で出撃した蘊奥を、ネブラブリッツのリリーは、あっという間に撃破してしまう。一方、ギナと劾の戦いは、決着の時を迎えようとしていた。ミラージュフレームとブルーリバイ、勝利を手にするのはどちらのアストレイなのか!?

機動戦士ガンダムSEED　VS ASTRAY　［第5話］

イライジャＶＳヴェイア。かつての親友同士の戦いは、だれも予想しえなかった結末を迎える。一方、再びライブラリアンの襲撃があることを予想し、ロウは愛機を改良し、レッドフレーム改として完成させていた。そこには、協力者として懐かしいメンバーがそろっていた。そしてもう一機、パワーアップを終えたアストレイがあった。劾のブルーリバイとの戦闘に敗れたロンド・ギナ・サハクのミラージュフレームだ。常識を超えた強化をほどこされ、セカンドイシューとなった機体に乗り込むため、ギナは自らの肉体も改造する。

機動戦士ガンダムSEED　VS ASTRAY　［第6話］

劾との戦いに敗れたロンド・ギナは、ミラージュフレームをセカンドイシューへと改造する。それは操縦不能な素早さを持った機体だった。ギナは、それを駆るために自らの肉体をも改造してしまう。完成後、セカンドイシューに乗り込んだギナだったが、その出撃を最高司書官プレア直属のネブラブリッツに止められる。両者は戦闘となるのだが……。時を同じくして、レッドフレーム改を完成させたロウの所にも、敵が現れていた。なんとそれは、今まさにギナと戦っているはずのネブラブリッツとパイロットのリリーであった。

機動戦士ガンダムSEED　VS ASTRAY　［第7話］

ロウは、レッドフレーム改でリリーのネブラブリッツと戦う。テレポート能力に翻弄されながらも、その能力の秘密に気づき、勝利することが出来た。一方、ライブラリアンの中では、ヒィが最高司書官であるプレアにつめよっていた。「なぜこうも裏切りが多いのか」。それは組織として不自然なことであった。プレアはヒィに、その答えを得るために、ロンド・ギナに同行することを進める。その時、ギナは、命令無視を制止しようとしたネブラブリッツを破壊した所だった。裏切り者となったギナの行動の先にあるものとは……?

機動戦士ガンダムSEED　VS ASTRAY　［第8話］

宇宙に上がったイライジャは、劾と共にジャンク屋のロウ・ギュールに会う。お互いにライブラリアンの情報を交換し、さらに手に入れていたヴァンセイバーをイライジャ専用機としてカスタマイズしてもらう。一方、ロウは、倒したネブラブリッツのパイロット、リリー・ザヴァリーを助け出していた。彼はジャンク屋。戦いで倒した敵でも命を奪いたいとは思わない。その頃、世界各地ではライブラリアンの活動が活発化していた。コロニーを破壊し、ザフトの部隊と交戦する。果たして彼らの目的とは……?　そして、ついにあの男も動き出す。

機動戦士ガンダムSEED　VS ASTRAY　［第9話］

ギナは、同行することになったヒィが、だれのカーボンヒューマンであるかに気づく。そして、その存在を許すことが出来ず戦いを挑むのだった。ギナのセカンドイシューと、ヒィのゲイルストライク。格闘戦に特化したライブラリアンの２機が死闘を演じる。一方、ジャンク屋襲撃に失敗したリリーは、ロウによって助けられていた。ジャンク屋たちの中に身をおいたリリーは、彼らの気さくな人柄に戸惑いながらも、暖かいものを感じる。だが、そこに新たなライブラリアンの襲撃部隊が現れる。意を決したリリーは、修理中のゴールドフレーム天で出撃する。

機動戦士ガンダムSEED　VS ASTRAY　［第10話］

サーペントテールのリードとロレッタは、謎の敵であるライブラリアンについて、知り得た情報を整理する。その中で浮かび上がる、カーボンヒューマンの正体とは？　一方、その正体が劾であることをギナに知られたヒィ。戦いになってしまうが、その瞬間、新たなファクターが現れる。「プレア・レヴェリーを知ってるか？」そう問いかける男。彼こそは、プレアと共に命をかけて戦ったカナード・パルスであった。スーパーコーディネイターと同等の能力を持つカナードの参戦で戦いの流れが、大きく変化していくことになる。

機動戦士ガンダムSEED　VS ASTRAY　［第11話］

行動を共にしていたライブラリアンのギナとヒィ。二人の前に最高司書官プレアの命を狙うカナード・パルスが現れた。戦いに向けた緊張感が走る戦場に、突如現れる叢雲劾とブルーフレームリバイ。ギナは宿敵の登場に狂喜し、ヒィは自身の越えるべき存在を前に、力を誇示しカナードを打ち破って見せようとする。戦場に渦巻くそれぞれの思い。その中で劾の視線は、ヒィに向けられる。それはヒィを挑発すると同時にギナを倒すための心理的な罠であった。劾、ギナ、ヒィ、カナード。四人のエースパイロットが同じ戦場で剣を交える。

機動戦士ガンダムSEED　VS ASTRAY　［第12話］

ジャンク屋のロウ・ギュールの宇宙ステーション。そこに現れたライブラリアンの刺客は、四機のネブラブリッツだった。戦いを止めようとロウに助けられたリリーは、ゴールドフレーム天で出撃する。しかし、リリーの必死の説得に敵は耳を貸そうとしない。四機はマガノイクタチを発動。標的のパワーを吸い出し自身のモノとして吸収する兵器だ。すぐにリリーもゴールド天に装備されたマガノイクタチを起動し対抗する。しかし、数で圧倒され次第にパワーを失っていく。そこに援軍が現れる。イライジャの駆るヴァンセイバーだった。

機動戦士ガンダムSEED　VS ASTRAY　［第13話］

ギナを倒した劾。リリーを退けたロウ。この二人のアストレイ乗りにカナードを加えた三人は、ヒィの案内の元、ライブラリアンの本拠地を目指す。目指すは組織の最高司書官であるプレア・レヴェリー。やがて現れるアステロイドに偽装されたライブラリアンの本拠地。意外なことにプレアは、三人を内部に通すのだった。すべての事件を引き起こした張本人であるプレアを前にしてカナードがとった行動とは。そして、ただ一人だけ内部で別行動になってしまったロウに接触してきた人物とは……。戦いは最終局面へ。

機動戦士ガンダムSEED　VS ASTRAY　［第14話］（最終回）

戦いによって決着を付けるために、モビルスーツで宇宙に出たライブラリアンの最高司書官プレア。迎え撃つ劾とロウ、そしてカナード。ドラグーンを装備したプレアのニクスプロヴィデンスは圧倒的な力を見せるが、カナードと劾の連携の前に敗北が決定的となる。そのとき、プレアの口からライブラリアンの本当の目的、そしてプレアが行おうとしていることが明かされる。プレアは敗北によって、目的を達成しようとしていた。その真の意味とは……。戦いに終止符が打たれようとしたとき、ミラージュフレームを駆るギナが現れる。