エルザと劾。両者は、それぞれの愛機に搭乗する。エルザは、ダンテの使用していたアストレイノワールにデスティニーインパルスRの装備を追加した機体だ。今は消滅してしまった『一族』が残したものだった。対する劾は、ダンテ戦用に作り出したブルーフレームＤにさらなる装備を追加していた。それは、両腕に装着された銃であると同時にドラグーンプラットホームでもあった。全身の剣が両腕に集められ巨大な剣へと変わる。二本の実体剣を装備した二機のアストレイが相見える!

エルザは、ダンテと劾の戦いに裏から干渉するためイライジャに接触した。ところが、その動きはダンテに読まれていた。戦いへの直接的な干渉を避けるためエルザはイライジャの所に行くように仕向けられていたのだ。ダンテと劾はエルザが居ない間に戦いを終えてしまう。それから数ヶ月後。劾はエルザと向かい合っていた。劾を呼び出したエルザは、さきほどまで劾にある特別なものを見せた。それは彼女が隠してきた能力に関係するものだ。エルザと劾、ダンテの生み出した二人の戦士が戦う。

ダンテと劾、その対決の時が来た。ダンテの駆る機体はアストレイノワール。武器は、日本刀に銃を組み合わせたソードピストル。対する劾は、この戦いのためだけに製作した新たな装備を愛機であるブルーフレームに装着していた。ブルーフレームＤと名付けられたその機体は、機体各部に実体剣を多数装備し、極端な格闘戦特化型に見えた。だが、それだけの機体であるはずがない。ダンテは、これから始まる劾との戦闘を前に、興奮を隠しきれない。今、傭兵二人の運命の戦いが始まる！

『一族』は、叢雲劾の抹殺を依頼したダンテを監視していた。その役割を与えられたのは、テスタメントガンダム。元はザフトの試作機であったが、特殊能力を付加され『一族』に使われていた。その能力とは、コンピュータウイルスを近接空間に展開して、自身の姿を機械的に認知させないというものだった。姿無き監視者が見守る中、アメノミハシラからゴールド天とアストレイノワールが出撃する。ノワールがソードピストルを構えた瞬間、あり得ないことに、ダンテは監視者の存在に気付く！

アメノミハシラで対ダンテ戦に特化したブルーを開発中の劾。そこに、ダンテ、エルザ、リリーの三人が現れる。ダンテは自らが劾と戦うために用意したアストレイノワールと専用武器のソードピストルが完成したことを告げる。対する劾は、まだブルーの準備が終わっていなかった。その時、リリーが、劾と戦いたいと提案。意外なことに劾はこれを了承する。リリーは専用カラーを施したブリッツを使う。一方の劾が駆るブルーは、なぜかノーマル形態に戻された状態であった。その真意とは!?

オーブの孤島でエルザとイライジャ、そして風花は情報交換することに。ここで風花が発した一言が、エルザを死神に変えてしまう。一方、ダンテは、サムライ蘊奥と肉体を使用した決闘を繰り広げていた。日本刀を使用して斬り合う二人。ダンテは、今の時代に本物のサムライと戦えることに感動を覚える。
事件の後、エルザが『一族』の元に戻ると、そこにはグフの改修パーツが用意られていた。『一族』の女はすべてを予見していたのだ。

裏社会にウワサが流れた。「アメノミハシラが陥落寸前だ」と。これに飛びついたゲリラや海賊、果ては正規軍までもが女帝の支配する天空の城へと襲撃をかけた。だが、だれもが期待した成果を得られずに敗退する。アメノミハシラの防御には、サーペントテールの叢雲劾が付いていたのだ。ウワサと事実は大きく異なった。なぜ、デマが流れ、また劾がそこにいるのか?　すべての謎の裏にはある計画が隠されていた。

モビルスーツ用の日本刀の製作技術者を探して廃棄コロニーへとやって来たダンテ。彼はそこで待ち受けていた日本刀装備のレッドフレームと戦うことになる。武士道を貫く敵に対して、ダンテは外道の戦いを見せる。一方、オーブの孤島でイライジャと戦うエルザ。イライジャのザクに専用ウィザードを返し、その力が十分に発揮される環境を整えていた。エルザが戦いを優位に進める中で、意外な伏兵が牙をむく。

ダンテと劾は、互いに戦い合うための行動を起こしていた。ダンテは、自身を襲った組織と接触し、ある条件を引き出す。同じ頃劾は、リードと「対ダンテ戦に特化したブルー」について話す。両者がそれぞれの思惑を推し進める中、二人に付き従う者たち、エルザとイライジャは一足先に戦闘状態へと突入した。専用ウィザードを失いガナーザクで出撃したイライジャに対し、エルザはグフクラッシャーを駆り迫る!!

南アメリカにやってきたイライジャは、ジャンク屋の整備を受けた専用ザクのテストを行う。機体に問題は無かったが、専用ウィザードを失ったことが悔やまれる。失意のイライジャに風花・アジャーは、今回の紛失事件におかしな所があると指摘する。
一方、ダンテはアストレイノワールを駆り、劾のブルーセカンドＬと戦う。劾の手の内を読んだダンテは勝利を手にするが、そこには拭いきれない違和感があった……。

アストレイノワールを受け取ったダンテは、さっそく機体のテストに入る。 模擬戦の相手は、相棒のエルザだ。
彼女はグフイグナイテッドに搭乗していた。
だが、模擬戦の中で、ダンテも予想しなかったことが起こってしまう。 一方、整備を終えたブルーフレーム セカンドＬを受け取った劾に、謎の集団が攻撃を仕掛けてくる。事態はだれも予想しなかった方向に動き始めていた……。

ブルーフレーム セカンドＬの整備のためオーブを訪れた劾。彼の前に突然現れた二人の傭兵、ダンテとエルザ。ダンテは、連合の戦闘用コーディネイター開発に協力していた男であり、劾の過去をよく知る者だった。再会を懐かしむダンテは、その言葉とは裏腹に日本刀を抜き放ち、劾に襲いかかる。

次第に追いつめられる劾。彼は生き延びることが出来るのか!?